南京市秦淮区人民检察院成立于1955年12月， 1956年至1966年，区检察院受市检察院垂直领导，围绕镇反、社会主义改造等党在各阶段的中心任务开展检察工作，办公地点最初在金陵路1号，1958年迁至教敷巷1号，1960年又迁至中华路252号。

1966年5月“文化大革命”开始，检察机关瘫痪，1967年4月起，检察职能由“遵义区公检法军管组”统一行使。

1979年1月恢复重建，办公地点设在教敷巷3号，先后设立刑检批捕科、刑检起诉科、法纪检察科、控申检察科、监所检察科、办公室等内部机构，行使审查批捕、审查起诉、监所监督及自行侦查等职权。

进入九十年代以后，又先后设立政工科，民事行政检察科，法警大队等部门，成立反贪污贿赂局。2000年，办公地点迁至中华路253号，2007年底，迁至现址大明路133－1号。

至2009年，共有干警76人，设有反贪污贿赂局、反渎职侵权局、政治处、监察室、侦查监督科、公诉科、监所检察科、民事行政检察科、控告申诉检察科、职务犯罪预防科、法警大队、办公室、法律政策研究室等职能部门。

经过几代秦淮检察人的团结拼搏，先后获得了全国先进基层检察院，全国优秀青少年维权岗，全国文明接待室，全国一级规范化驻所检察室，江苏省人民满意的政法单位并记集体一等功，江苏省检察机关先进集体、江苏省先进检察院、南京市十佳政法单位、南京市先进检察院和省、市、区文明单位等各类荣誉和表彰。在上级检察机关和区委领导下，在院党组带领下，秦淮区人民检察院正以饱满的精神、高昂的斗志，信心百倍地创造新的业绩，向更高的目标奋进！